La Hermandad se funda en 1948, en la parroquia de San Sebastián. Nace como Ilustre Cofradía del Prendimiento y Nuestra Señora de la Merced aunque es conocida como ‘Cofradía de Excautivos’. Las primeras Reglas son aprobadas el 22 de enero de 1948 a instancias de la Delegación Nacional de Excautivos, que si bien ya mostró intención de organizar la Hermandad varios años antes, no pudo hacerlo hasta finales de la década de los cuarenta. La situación económica del momento condiciona su nacimiento hasta el extremo de que es el gobernador civil Manuel Urbina Carrera quien aporta la cantidad necesaria para la realización del misterio titular. 15.000 pesetas para un grupo escultórico que salió del taller del almeriense Jesús de Perceval y del Moral y que fue bendecido el Miércoles Santo de 1948 en la S y A I Catedral de la Encarnación, aunque la cofradía no pudo salir como tal ese año y el paso lo hizo integrado en el cortejo de la Hermandad de los Estudiantes esa misma noche.

Ya desde su mismo nacimiento queda de manifiesto el devenir de esta primera etapa de la Hermandad con enormes altibajos. A fuertes desembolsos económicos y salidas no exentas de brillantez en la composición del cortejo siguen años de decaimiento de los que se sobrepone rápidamente iniciando nuevamente el ciclo que caracteriza y marca esta primera etapa. Esto propicia, además de que las salidas se realicen de manera intermitente, que tampoco se hagan el mismo día. Unos años lo hará el Martes, otros el Miércoles (día mayoritario) y, otros, el Jueves Santo. La lluvia la dejará otras veces en la iglesia y una precaria situación económica hará que otras tantas salga sólo alguno de los pasos y, encima, integrado en el cortejo de otra cofradía.

Esto ocurrió algunas veces con las Hermandad de los Estudiantes, Amor o con el Silencio. Estos 30 primeros años son, como decimos, de una enorme inestabilidad. La primera década es de una robustez considerable: en 1950 se adquiere la imagen del Cautivo, se encarga la de la Virgen de la Merced en 1953, se realizan nuevos pasos y comienza el bordado del manto marfil que sustituirá al primitivo, celeste, y se consigue sacar tres pasos pero a la siguiente ya deja de salir uno de esos pasos (el de San Pedro y Malco) y llegan los años en los que se tiene que suspender la salida; unas veces por motivos económicos (1966 y 1967) y otras por inclemencias meteorológicas (1968). En 1969 vuelve a salir al cofradía y en 1970 lo hace sólo el Cautivo (el Jueves Santo) a lo que siguió un periodo de decaimiento extremo en el que salvo las imágenes titulares, prácticamente todos los demás enseres desaparecen. En la década de los sesenta y en la de los setenta la cofradía de Excautivos había dejado de existir; aunque la gobernaban, prácticamente, los hijos de los fundadores, había dejado de funcionar como hermandad, reuniéndose los pocos hermanos que quedaban tan sólo para la estación de penitencia en Semana Santa Santa y realizar el besapies a Jesús Cautivo de Medinaceli, culto que desde su bendición no ha dejado de celebrarse.

En 1977 se reorganiza la Hermandad, obteniéndose la erección canónica en la Catedral. Al frente de esta nueva etapa se encuentra un grupo de jóvenes que no tiene ninguna vinculación con los dirigentes de la etapa anterior. El primer Hermano mayor de esta nueva época es Juan Antonio Barrios Fenoy que, no obstante, cuenta con la colaboración de Arnoldo Rodríguez, último Hermano mayor de la primera etapa y de Resi Lussnigg Arjona, Camarera mayor, que colaborará muy activamente en este nuevo periodo apoyando en todo momento a los jóvenes en la reorganización. No son pocos los esfuerzos para reorganizarla y recuperar algunas de las piezas del patrimonio de la Hermandad, en mano de las familias de los antiguos rectores. No obstante se consigue recuperar algunos enseres y documentos. Esta nueva etapa coincide con la de mayor esplendor en la historia de la Hermandad, cuya vida interna queda regularizada y se extiende a lo largo de todo el año.

Es llegado el año 1984 cuando las cuadrillas de costaleros comienzan a formar parte de la historia de la hermandad, así pues, este mismo año la Peña de Costaleros «La Ilusión» de la localidad gaditana de Chiclana de la Frontera se traslada hasta Almería para portar el paso de palio de Ntra. Sra. de la Merced, así las ruedas darían paso a la «molía», forma tradicional de llevar los pasos en la provincia de Cádiz. Al año siguiente se forma la primera cuadrilla de costaleros en el seno de la hermandad con Carlos Galice Cantón al frente del paso de misterio, dos años más tarde, en 1987 se formaría la cuadrilla de Jesús Cautivo y finalmente en 1989 la de Ntra. Sra. de la Merced, estando desde entonces consolidada la figura del costalero dentro de la hermandad. 

Se encargan nuevas imágenes que van sustituyendo paulatinamente a las anteriores y se proyectan y diseñan nuevos pasos y enseres tanto para el Prendimiento, para el Cautivo como para la Merced, la primera de ellas es la imagen de Nuestra Señora de la Merced que viene a sustituir a la primitiva de Enrique Pérez Comendador, la talla, obra de Antonio Joaquín Dubé de Luque es bendecida el 22 de septiembre de 1985, tras ésta, el mismo autor remodelaría la imagen de Jesús Cautivo de Medinaceli (1987) y se encargaría la actual del Señor del Prendimiento (1990) A la normalización de la vida interna ayuda la ampliación de los cultos, cuya celebración se extienden ya de enero a diciembre. Se apuesta por actividades novedosas en la Hermandad como los pregones (desde 1990) y nacen iniciativas encaminadas a mantener una comunicación con los hermanos como el boletín (1983), la web (2005) o los perfiles en Facebook (2010), Twitter (2011), Youtube (2014) e Instagram (2016), todos ellos aún abiertos y con magníficos resultados de cara a la comunicación con los hermanos. Se mantiene relación con otras hermandades a las que se llega a amadrinar en acontecimientos importantes de su historia llegando a producirse, incluso, hermanamientos con corporaciones de otras localidades o con cuerpos militares como pueden ser los hermanamientos con la Hermandad de los Gitanos de Granada (1992), el Paso negro de Huercal Overa (1994), Grupo de Artillería de Campaña II de la Legión (1995) o con la Hermandad de Angustias de Almería (2018), además la hermandad actúa como madrina de la primera salida de la Hermandad de la Macarena de Almería (1993), de la bendición de la imagen de la Virgen de la Amargura (1993) y el Cristo de la Buena Muerte del Parador (1995) y de la Hermandad de Pasión de Almería (1995). Ya en 1994 se concede por parte de la autoridad diocesana el título de Hermandad Sacramental, se celebran funciones al Santísimo Sacramento y además se organiza la Octava del Corpus desde el año 1989 hasta el 2012.

En 1996 tiene lugar un incendio en el interior de la Catedral; la madrugada del Jueves Santo, a las pocas horas de recogerse la cofradía, un incendio destruye dos de los tres pasos de la Hermandad perdiéndose en él las imágenes de la Virgen de la Merced y la de Jesús Cautivo, viéndose mermado considerablemente el patrimonio. Tras este trágico hecho la hermandad se repone gracias al esfuerzo de sus hermanos y devotos y con la ayuda de los artesanos se bendicen en la Plaza de la Catedral las nuevas imágenes de Ntra. Sra. de la Merced (1996) y Jesús Cautivo de Medinaceli (1997), ambas de Antonio Joaquín Dubé de Luque. Aquel incendio en la madrugada del 4 de abril dañó también al propio templo, de ahí que en 1999 comenzara la restauración de la parte más afectada y se aprovechase para cambiar la solería. Por tal motivo, la Hermandad buscó acomodo en el cercano convento de las Claras (del 5 de septiembre de 1999 al 11 de marzo de 2000) por lo que se decidió nombrar Hermanas de honor a las Reverendas madres Clarisas. En este apartado de nombramientos cabe señalar el que se produjo el 22 de enero de 1983, cuando se concede a Sus Majestades los Reyes de España, D. Juan Carlos I de Borbón y Dña. Sofía de Grecia el nombramiento de Hermano Mayor y Camarera Mayor Honorarios, título honorífico que comparten con otros hermanos destacados. El 20 de septiembre de 1996, gracias a la gestión de N.H. el Teniente Coronel Francisco Nieto Villegas (q.s.G.g.) la Junta de gobierno en pleno es recibida en audiencia privada por sus Majestades los Reyes en el Campamento Álvarez de Sotomayor, en Viator.

En 1997 se acuerda en pleno extraordinario del Excmo. Ayuntamiento de Almería la denominación de la Plaza Jesús Cautivo de Medinaceli, donde abre su fachada al sur nuestra casa de hermandad.
En 1998 se celebra el L aniversario fundacional, con multitud de cultos y actos para celebrar tal efeméride, viéndose culminado con la salida extraordinaria de Ntra. Sra. de la Merced el 26 de septiembre del citado año.

Los primeros casi veinte años en la Catedral las imágenes permanecen expuestas en una capilla del lado de la Epístola, llamada ahora de los mártires hasta que en 1994 concluyen las obras de rehabilitación de la entonces parroquia del Sagrario que acomete y sufraga la Hermandad y los Titulares pasan a presidirla. En la pascua del año 2015 el Cabildo Catedral lleva a cabo una nueva restauración en la Capilla y los titulares pasan a presidir un altar provisional en la nave del Evangelio hasta noviembre del año 2017 cuando se consagra el altar de la nueva Capilla de la Asunción, las imágenes del Prendimiento y Merced con venerados en los laterales de la misma, mientras que el Cautivo lo hace en la nave de la Epístola.

En la Semana Santa de 2002 se produce la primera de las dos más importante revoluciones estéticas de la cofradía; tras más de veinte años cerrando la jornada del Miércoles Santo se pasa a ocupar el primer puesto del día. Ese año la Cruz de guía se pone en la calle a las 18:15 horas siendo recibida por la luz del sol en una estampa inédita hasta entonces en la historia de la Hermandad. Dos años más tarde (en 2004) se cambian las túnicas. Tras un proceso de casi tres años los hermanos aprueban en diferentes cabildos, primero, el cambio y, luego, el modelo definitivo, presentándose la cofradía en la calle con un nuevo hábito el Miércoles Santo de 2004.

En 2005 procesiona por primera vez el nuevo paso de misterio de Ntro. Padre Jesús en su Prendimiento, obra del tallista sevillano Francisco Verdugo, con imaginería y cartelas de Fernando Murciano Abad, supone un gran cambio estético en el misterio ya que también se lleva a cabo la replanteación de la escena iconográfica.

Este mismo año se celebran en Almería los XV Juegos del Mediterráneo, en un año lleno de actividades deportivas Nuestra Señora de la Merced es nombrada embajadora de los mismos.

En cuánto a la cartelería, la hermandad comienza a editar un cartel anual con motivo de la Semana Santa en el año 1985 hasta la actualidad, por otro lado la imagen de Jesús Cautivo de Medinaceli preside el cartel oficial de la Semana Santa de Almería en los años 1985 y 2006.

En 2007 la Hermandad inicia las obras de restauración de su casa de hermandad, inmueble en Plaza Bendicho número 13 que adquiere en propiedad en 1996 y tras acometer el proyecto del prestigioso arquitecto Ramón de Torres con un gran esfuerzo ecónomico por parte de la Hermandad se consigue devolver el aspecto original de la casa palacio que data de finales del XVII. Pasan cinco años hasta que el 14 de Mayo de 2011 es bendecida y abierta al público para deleite y disfrute de los visitantes ya que además del valor del edificio se habilitó el Museo Sacerdote Fernando Berruezo donde se exponen los enseres que procesionan cada Miércoles Santo. Es en el año 2012 cuando la cofradía se recoge por primera vez en la Capilla anexa a la Casa de Hermandad, suponiendo un hito histórico en la misma, iniciándose como siempre la estación de penitencia desde la Catedral y culminándose desde ese año en la Capilla. Cada lunes de Pascua los titulares vuelven a la Catedral en Solemne Traslado acompañados de multitud de hermanos.

Gracias a la donación de un hermano llega a la hermandad y se bendice la imagen del Santísimo Cristo de las Almas (2012), de autor desconocido se trata de una talla de un crucificado en madera, preside nuestra sala de juntas y cada cuaresma el vía crucis que organiza la hermandad.

En el año 2014 la hermandad sufre un robo en la casa de hermandad y se pierden varias preseas de nuestros titulares, entre otros dos juegos de potencias, aureolas del apostolado, y varios rosarios entre otros.
La vida de hermandad queda establecida a lo largo del año con multitud de actividades teniendo como punto de encuentro la casa de hermandad, intensificando las labores de la vocalía de caridad así como los cultos que se celebran desde enero a diciembre en honor a nuestros titulares.